Die Zensus-Ergebnisse bringen in vielen Kommunen ein finanzielles Durcheinander. Die beiden Stadtstaaten Berlin und Hamburg wollen nun die Ergebnisse anfechten. Auch viele Städte und Gemeinden bezweifeln, dass beim Zensus richtig gezählt wurde. Bürgermeister und Kämmerer kritisieren die kleine Stichprobe, die beim Zensus gezogen wurde, um die Bevölkerungszahlen zu ermitteln.
Der Grund für die aufkeimende Kritik an den Zensus-Ergebnissen sind die teilweise deutlichen Diskrepanzen zwischen den statistisch ermittelten Bevölkerungszahlen zu den Melderegistern der Kommunen. Dies führt der Chef der Berliner Senatskanzlei auch als Argument für den Widerspruch Berlins auf. Nach den Zensus-Ergebnissen sollen in der Hauptstadt 180.000 Menschen weniger leben als bisher angenommen. Für die Stadt bedeutet dies etwa eine halbe Milliarde weniger Geld pro Jahr aus dem Länderfinanzausgleich.
Auch in Hamburg sollen es laut Zensus-Ergebnissen 83.000 Menschen weniger sein, als bisher angenommen. Die Hansestadt hat deshalb ebenfalls offiziell Widerspruch eingelegt. Im Unterschied zu einer klassischen Volkszählung war nur ein Drittel der Bevölkerung direkt befragt worden; weitere Daten wurden aus den Melderegistern, dem Register der Arbeitsagentur und anderen Quellen zusammengetragen.
Zweifel an der Korrektheit der Zahlen haben im Norden der Republik bisher 37 Kommunen geäußert und bereits Einspruch erhoben. Falsch festgelegte Stichproben könnten schnell zu überproportional starken Verzerrungen führen, so die Kritik. Wenn dabei nur ein Prozent falsch eingeschätzt worden sei, wirke sich das am Ende mit einem Faktor bis zu zehn aus – und das zehn Jahre lang bis zur nächsten Erhebung. Sollte das jetzt nachweisbar sein, kämen nicht nur die Neuberechnungen des Länderfinanzausgleichs ins Wanken, sondern auch der kommunale Ausgleich und die Verteilung der Schlüsselzuweisungen durch die Länder.
